Microsoft hat ab Windows 7 das Laufwerkverschlüsselungstool Bitlocker dabei. Damit kann man ganze USB-Sticks verschlüsseln. Das funktioniert sehr gut, aber halt der ganze Stick wird verschlüsselt.
Wer nur ein verschlüsselten Container haben möchte, weil noch andere Daten unverschlüsselt auf den Stick liegen müssen, der kann auf das totgesagte TrueCrypt zurück greifen.
Anleitungen gibt es hier. Alles über True Crypt
Wer eine alternative zu TrueCrypt sucht dafür gibt es VeraCrypt
Wer das ich nicht möchte, gibt es alternativen.